5月7日，陈云率西路军左支队抵达迪化，暂时进驻迪化阜民纺纱厂职工宿舍，不久迁到迪化东门外的营房，对外称新兵营。陈云和滕代远也住进营房。由于西路军官兵长期作战、行军都没有得到休息，身体极为虚弱，陈云安排左支队官兵先休息，检查身体，治疗伤病，早日恢复健康。同时拿出自己的津贴给战士们加菜金，以保证每餐还有豆腐吃。这些措施使西路军指战员的健康得到恢复。
 

　　在注重恢复西路军指战员的健康恢复的同时，陈云和滕代远特别注重部队的思想政治教育。陈云和滕代远在摸清干部战士思想的基础上，决定在迪化不讨论西路军失败的原因等问题，而“把党的新政策及季米特洛夫同志和曼努埃尔斯基同志的七次大会的报告，先向他们传达，以便首先在党的政策上面去团结他们”。这样稳妥的做法取得良好效果，“（西路军）对于党的策略、国际决议和报告完全同意，现在大家毫无疑问地认为中央的新政策是完全正确的。这样一来党中央在政治上的威信是提高了”。到五月下旬，西路军指战员的思想情绪已得到稳定。

　　1937年夏，国共两党之间针对国共合作问题正在展开激烈的斗争，且新疆到陕北路途遥远，西路军短期内显然难以返回陕北，而赴苏学习又一直得不到中共驻共产国际代表团的指示。陈云、滕代远同西路军的领导干部商量，决定组织部队学习文化知识。陈云指出：“将来的红军为了战胜敌人，打败侵略中国的帝国主义，必须装备先进的武器，懂得马克思列宁主义的理论，这就需要有文化知识。文化课好比是一把开门的钥匙，没有起码的数学物理知识，就进不来军事技术这一科学大门，不懂得马列主义，就好比瞎子走路，会迷失方向”；“大家要安下心来，下苦功夫学习文化知识，掀起学习高潮，每天用半天时间学文化，半天时间学政治、军事课程”。在此基础上，陈云、滕代远对部队的学习做了细致安排，按照每人文化程度的不同，分别编成甲、乙、丙三班。经过这些艰苦细致的工作，西路军官兵中形成了学习热潮。这就为下一阶段学习军事技术和政治理论打下了基础。

　　同时，陈云对部队的军事训练也抓得很紧，坚持“上午出操二小时”，陈云也经常扎着腰带来到操场，检查指战员们的操练情况。同时为了检查战士们操练的成果，陈云经过同盛世才交涉，组织部队各队之间的实弹射击比赛，还亲自为各队获得前三名的人颁奖。